来自土壤中的微生物：主要通过病人和患病动物的排泄物、尸体、或通过废物、污水使土壤污染。土壤本身也含有能长期生存的微生物。
来自空气中的微生物：主要来自地面，有的直接来自人和动物的呼吸道。
来自水中的微生物：主要是由土壤中的微生物随雨水流入水中，人畜排泄物和污水废物流入水中。
来自人及动植物的微生物：健康的人体和动物的消化道和上呼吸道均有一定种类的微生物存在。周围环境污染人和动植物造成危害。
通过水污染：水中如有大量微生物存在说明水已被有机物污染，如用这种水处理食品，就会污染食品，水质不合格的原因有：水源本身不合格、管道之间交叉污染、管道污染等。
通过空气污染：空气中的微生物，随着灰尘的飞扬或沉降将微生物附着在食品上。此外人体带有微生物的痰沫、鼻涕与唾液的小水滴在讲话、咳嗽或在打喷嚏时，可直接或间接的污染食品。
通过人及动物而污染：人接触食品时，人体作为媒介，将微生物污染食品，特别是手造成的食品污染最为常见。直接接触食品的从业人员，他们的工作衣帽，不经常清洗，消毒，不保持清洁，就会有大量的微生物附着，从而造成食品污染；车间内有苍蝇等飞虫或老鼠活动，也会通过污染食品接触面、空气或直接接触食品而造成污染。
通过用具（设备、工器具、容器）及杂物（含原料、废料、包装物料等）污染：应用于食品的一切用具，都有可能作为媒介将微生物污染食品，表面不光滑的用具污染程度更加严重。特别是装运食品的工具或用具，在用后未经彻底清洗消毒，而连续使用，就会造成微生物的残存，从而污染以后装运的食品。
控制食品微生物超标的三原则
预防——不接触细菌
控制——抑制细菌的繁殖
杀灭——杀菌、消毒
加强环境卫生管理：
1 垃圾、下角料、废弃物进行无害化处理，远离生产场所存放并保持清洁
2 粪便进行无害化处理，保持周围卫生
3 污水进行无害化处理，并合理排放
4 做好厂区及周围灭鼠、灭蝇虫工作
5 做好车间、仓库的防鼠、防蝇虫工作
加强食品卫生的管理：
1 食品运输和贮藏的卫生管理：使用前进行彻底清洗、消毒要防尘，防热，防腐处理。
2 生产车间布局合理，无交叉污染。
3 生产卫生：建立良好规范的卫生规范，确保生产环境（空气、设备设施、工器具等）卫生，人员操作符合卫生要求。
个人卫生：养成良好的卫生习惯，工作服帽整洁干净，定期进行健康检查。
4 生产用水卫生：定期检查水质，不合格的水源应定期进行净化，消毒处理。作好水源的防护，确保水质安全卫生。
5 原辅材料、包装物料卫生：采用合格的原辅材料、包装物料，并确保在运输、存放、使用时不存在劣变和交叉污染。
1 用水分活度、ph、化学物质及包装控制
1 控制ph（酸度）
2 控制水分活度（含水量，干燥，高盐，高糖）
0.85以上，高水分食品，需冷藏或采取其它措施保存
0.6-0.85,中等水分食品，不需冷藏，但货架期短
0.6以下，低水分食品，不需冷藏，有较长货架期
3 化学抑制剂（防腐剂，盐，糖），必须符合国家规定，并标注清楚
4 控制包装（真空包装，充气包装）
2 通过冷藏和冷冻（温度）控制
温度为5到46℃是致病菌生长的危险范围
1 冷藏库
2 时间/温度的合理控制（低温，短时）
3 冷冻控制
4 烹调后迅速冷却：在很短时间内将温度从60℃降至21℃
5 烹调后保温存放：保持60℃以上
1 热处理（烹调或杀菌）
方式：煮 、蒸、炸、烤、炒、高温高压杀菌、管式热交换器、刮板式热交换器
影响致死率的因素
食物（器具）的导热性
食物（器具）的特性
微生物的种类(芽胞或营养细胞)
微生物细胞的耐热性
2 化学消毒杀菌剂
1 消毒剂：用于杀灭微生物使其达到消毒要求的制剂。
2 有效成分：是指消毒剂中具有杀灭微生物作用的活性成分，其含量常用质量浓度（mg/l）、质量分数（%、ppm）或体积分数（%、ppm）表示。
3 消毒剂消毒灭菌的特点：
费用低
应用广泛：可用于病人/畜排泄物与分泌物、皮肤、粘膜、饮水、厕所、空气、手、食品接触面等的消毒。
4 有机物：
酚：石炭酸。
甲酚：煤酚皂液（来苏尔）就是甲酚与肥皂的混合液，常用3-5%的溶液来消毒皮肤、桌面及用具等。
甲醛：福尔马林溶液就是37-40%的甲醛水溶液
醇：它是脱水剂、蛋白质变性剂，也是脂溶剂，可使蛋白质脱水、变性，损害细胞膜而具杀菌能力。乙醇（酒精）是普遍使用的消毒剂，50-70%的乙醇便可杀死营养细胞；75%的乙醇杀菌效果最好，超过80%以至无水酒精效果较差。（一般72-78%）
5 卤族元素及其化合物：
碘：是强杀菌剂。3-7%碘溶于70-83%的乙醇中配制成碘酊，是皮肤及小伤口有效的消毒剂。碘一般都作外用药。
氯气或氯化物：这是一类最广泛应用的消毒剂。氯气一般用于饮水的消毒，次氯酸盐等常用作食品加工过程中的消毒。氯气和氯化物的杀菌机制，是氯与水结合产生了次氯酸(hclo)，次氯酸易分解产生新生态氧，这是一种强氧化剂，对微生物起破坏用。
辐照
高强度脉冲光
高强度脉冲电子场
紫外线
高压加工
欧姆加热
臭氧
灭菌：用物理或化学方法杀灭物体上所有的微生物（包括病原微生物和非病原微生物及细菌芽胞、霉菌孢子等），称为灭菌。
消毒：用物理或化学方法仅能杀灭物体上的病原微生物，而对非病原微生物及芽胞和孢子不一定完全杀死，称为消毒。用来消毒的药物称为消毒剂。
防腐：防止或抑制微生物生长和繁殖的方法称为防腐或抑菌。用于防腐的化学药品称为防腐剂。某些化学药物在低浓度时为防腐剂，在高浓度时则成为消毒剂。
无菌：指没有活的微生物存在。采取防止或杜绝一切微生物进入动物机体或物体的方法，称为无菌法。以无菌法操作时称为无菌操作。在进行外科手术或微生物学实验时，要求严格的无菌操作，防止微生物的污染。
1 产品被霉菌或者酵母菌污染时，产品的质量就会劣变，销路会受到影响，顾客也会投诉甚至要求赔偿。
2 对容易发霉的原料要进行妥善的放置，使用前要仔细清洗。
3 为了控制发霉现象要对工厂进行细致的卫生管理。
4 尽量在低温下对食品进行保存，这样有助于防止发霉现象和酵母菌问题的扩大化。
菌落总数
大肠菌群
大肠杆菌
金黄色葡萄球菌
沙门氏菌
菌落总数用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。
菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。当样品被稀释到一定程度，与培养基混合，在一定培养条件下，每个能够生长繁殖的细菌细胞都可以在平板上形成一个可见的菌落。
菌落总数就是指在一定条件下（如需氧情况、营养条件、ph、培养温度和时间等）每克（每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。有时称为杂菌数，需氧菌数等。
大肠菌群是作为粪便污染指标菌提出来的，主要是以该菌群的检出情况来表示食品中有否粪便污染。
大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。粪便是人类及动物的肠道排泄物，其中有健康者的粪便，也有肠道患者或带菌者的粪便，所以粪便内除一般正常细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在（如沙门氏菌、志贺氏菌等），因而食品中有粪便污染，则可以推测该食品中存在着肠道致病菌污染的可能性，潜伏着食物中毒和流行病的威胁，必须看作对人体健康具有潜在的危险性。
大肠菌群并非细菌学分类命名，而是卫生细菌领域的用语，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，其定义为：需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。
大肠菌群分布较广，在温血动物粪便和自然界广泛存在。调查研究表明，大肠菌群细菌多存在于温血动物粪便、人类、动物经常活动的场所以及有粪便污染的地方，人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因。粪便中多以典型大肠杆菌为主，而外界环境中则以大肠菌群其他型别较多。
大肠杆菌：为革兰氏阴性两短钝圆的短杆菌，周身有鞭毛能运动，周身还有菌毛，无芽孢，生长温度为10-50℃之间，适生长温度为40℃。
大肠杆菌是人畜共患肠道致病菌，患病原性大肠杆菌食物中毒的病人的粪便中可存在大量的大肠杆菌，是散布病毒的主要来源，在健康的人群和牲畜的肠道内也可发现有带菌者。大肠杆菌引起的食物中毒的主要症状是急性肠胃炎，主要表现为呕吐、腹泻、大便呈水样便，重症有血便。
金黄色葡萄球菌：为革兰氏阳性球菌，呈葡萄状排列。无芽孢，无鞭毛，不能运动。
在自然界中分布广泛，正常人和动物的体表粘膜、空气、土壤、水、饲料、食品中均有存在，创伤后的皮肤、粘膜带大量的本菌。生长温度范围在6.6-47℃之间，最适生长温度为35-37℃。加热60℃经30分钟即可杀灭，在冷冻贮藏环境中不易死亡。
金黄色葡萄球菌可通过，患局部化脓性感染（如疥疮、手指化脓等）、上呼吸道感染（如鼻窦炎、化脓性肺炎、口腔疾病等）的人员或带菌者在他们接触食品时而使食品污染。
感染中毒后的主要症状为急性肠胃炎症状，如恶心、呕吐、腹泻、腹痛。
金黄色葡萄球菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、伪膜性肠炎、心包炎等，甚至败血症、脓毒症等全身感染。
沙门氏菌：沙门氏菌属肠杆菌属，包括2000多个血清型，广泛存在于猪、牛、羊鼠类的肠道内脏中，是最普遍、最重要的肠道致病菌。其中鸡的带菌率为2.3-6.8%，猪的为10.7-34.8%，鸡蛋带菌率高达30%。沙门氏菌的适宜生长温度为37℃，在18-20℃也能繁殖。沙门氏菌对热抵抗力差，在60℃经20-30分钟可被杀灭，低温冷藏也可减少本菌的数量。在肉类中可存活几个月，在自然环境的粪便中可存活1-2个月。中毒属感染性食物中毒，为急性肠胃炎症状，如呕吐、腹痛、腹泻。
本菌主要来自患病的人和动物，及人和动物的带菌者，使人类致病的沙门氏菌常存在于病人及带菌者的肠道、血液、粪、尿、胆囊中。据报道有些地区的鼠类带菌率有2-4%，主要菌种以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌占多数，鼠尿和粪中排出的病菌可直接或间接污染食品。家禽类如鸡、鸭、鹅对鸡沙门氏菌和雏白痢沙门氏菌特别容易感染，因而这类家禽有较高的带菌率。健康鸡的粪便中带菌率为2.3%，已被沙门氏菌污染的食品或物品可通过手、苍蝇、鼠类或其它物品为媒介污染。所以，有些食品被沙门氏菌污染，常与鼠类接触有关。
