超净台进风口的背面或正面的下方，金属网罩内有一普通泡沫塑料片或无纺布，用以阻挡大颗粒尘埃，应常检查、拆洗，如发现泡沫塑料老化，要及时更换。工作台面正面的金属网罩内是超级滤清器，超级滤清器也可更换，如因使用年久，尘粒堵塞，风速减小，不能保证无菌操作时，则可换上新的。
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1、使用前15-20分钟用75%酒精擦拭工作台面，将实验所需的物品放于台面中间工作区的两侧，使用的移液器吸头、试管、培养皿等均事先灭菌。
2、使用前15-20分钟开紫外灯，对工作区域进行照射杀菌，将细菌、病毒全部杀死。为避免物品过多而导致紫外灭菌不彻底，台面平时只需放移液器、75%酒精喷壶、75%酒精棉、接种器、酒精灯、记号笔和打火机等。
3、使用前10分钟将通风机启动，以排除臭氧等有害气体。
4、操作时将照明灯开关打开，关掉杀菌灯。
5、操作前用75%酒精棉擦洗双手和前臂。任何进入超净台的物品都必须经过75%酒精擦拭后才可进入超净台。
6、工作台面不要存放不必要的物品，以保持工作区的洁净气流不受干扰。打开各种瓶盖前先过火，以固定灰尘，打开的瓶口、试管口过火，镊子、接种器使用前应经火灼烧以再除菌。
7、不要在工作台面上记录，工作时应尽量避免明显扰乱气流的动作。
8、工作完毕后，也必须以75%酒精擦拭台面，并且将使用过的器具材料归定位,垃圾清理干净,停止风机运行，关掉照明灯，将上述不属于超净台面的个人物品拿走。
9、操作员需严格按照上述规程实验，使用移液器时用酒精棉擦拭移液器头。吸头等用前需用报纸包好并灭菌，且仅限个人使用。
10、为配合发酵工作，避免染菌，超净台周围需定期进行打扫并消毒。用福尔马林（40%甲醛）加少量高锰酸钾定期对房间进行密闭熏蒸。
