液相色谱仪从流动相瓶到废液瓶之间的流路是一个全封闭体系，内部压力很高，但外部却能保证一滴不漏。如果某个部件发生漏液，那就出现故障了。漏液的原因分两种：
在更换零件如流路管或换柱时，换的接头接口不匹配，造成漏液。要注意不同公司的柱子接头很多是不同的，甚至同一家公司在不同时期生产的液相柱接头也有很大区别。当然选用peek接头是一种较好的解决方法，不仅通用性好，而且靠手拧就能保证不漏液。即使接口本身匹配，若操作不当也会漏液，一种不当是力度把握不好，拧得太紧或太松；另一种不当是滑丝，这往往是动手能力不强，螺丝钉很少拧的工作者所犯的错误，滑丝的后果不仅是漏液那么简单，常造成重要部件的报废，解决这个问题只能提高拧螺丝的基本功。
用缓冲液盐溶液(不论甲醇含量有多少)作流动相时，实验结束后没有换甲醇水冲洗，使得微渗的流动相干燥形成晶体。不过输送泵漏液不一定非得马上修，冲洗干净并在以后的使用中多加小心一般可以正常使用。检测器漏液是个很麻烦的事，一般是吸收池的问题，更换费用很高，若能凑合使用，不一定马上更换。
漏液是从内部向外漏，而漏气则是外部的气体进入液相色谱仪的流路内部形成气泡。以下按流路的方向逐个部件分析产生气泡的原因和相应解决方法。
指的是在过滤头和输送泵之间的那一段管路。这一部分往往不是有点气泡，而经常是整个管中全是空气，而操作人员却浑然不知，以致输送泵工作了半天才发现流动相瓶里的液体一点也没少。这也是我们常说的液相色谱仪至少一周要开机一次的原因(做液相一定要有“微渗”的概论)。如果长时间不用，这一段管路的液体会彻底干掉，而充满空气的管路和充满液体的管路不仔细看是分辨不出来的。这种情况对于输送泵很危险，因为输液泵是输送液体而不是输送气体，内部的液体对于活塞来说起到了机油的作用，如果活塞杆还残存了一些缓冲盐，则极易拉伤，造成不可逆转的影响。
总之，要预防为主，液相色谱使用人员要相对固定和稳定，工作中合理搭配资源，每台机一周至少一次实验，如长期不用起码每周要冲流动相2小时，养成良好的工作习惯很重要。
若流路管中漏气，建议用外力使管路充满液体。具体操作如下：
（1）找到流路管进入输送泵的接头，并拧下来。
（2）用一干净洗耳球的尖端对准管路的平整切口。
（3）吸液体，看液面从流动相瓶里上升，至离洗耳球5cm左右时停止该操作。
（4）快速把接头拧回输送泵上(这个过程可能会有少许流动相外泄，是正常现象)。
（5）开机，打开排液阀门，启动输送泵。
（6）等排液管中流出的溶液没有气泡时，再关闭排液阀，仪器正常工作。
这些部位进了气泡问题不大，冲掉即可。
整个流路中只要有一个气泡就会在检测器上得到强烈的信号反映，检测器内部的气泡一般能被冲走，但也有很难冲掉残留气泡的情况。如果检测器内有残留气泡，会有特别明显的表现形式，就是在走基线时会时不时间隔出现直上直下信号很大的信号峰。这时先看普通流量能否冲走，如果冲不走，那唯一的办法就是拆柱，把检测器直接连接到输送泵的出口，加大几部流量冲洗，肯定能冲走气泡。
