1）取样过程中应避免与水等环境的不良因素影响，防止样品被污染。
2）取样用具（如注射器、采血管、试管、探子、铲子、匙、、剪子、样品袋等）必须是经过灭菌的。
3）对采集的样品一般要求随机取样。若怀疑最有可能受病原体污染或者带有病原体的样品，可以进行选择取样。
4）根据样品种类（如盒装、袋装、瓶装和罐装），应取完整密封的样品。如果样品很大，则需用无菌取样器取样；若样品是粉末，应边取边混合；若样品是液体的，通过振摇即可混匀；若样品是冷冻的，应保持冷冻状态（可放在冰内、冰箱的冷盒内或低温冰箱内保存），而非冷冻动物产品须保持在0℃~5℃中保存。
5）取样前或取样后应在盛装样品的容器或样品袋上立即贴上标签，每件样品必须标记清除（包括品名、来源、数量、取样地点、取样人及取样日期）。
6）获取有关取样产品的信息：如样品名称、批量大小、包装类型、包装容器体积、生产线、产品编号或控制号、批量号、标签内容、包装破损状况、产品存放地点或建筑物的基本情况等。
7）当客户对所规定的取样程序有偏离、添加或删节的要求时，应详细记录这些要求和相关的取样资料，并记入包含检测结果的所有文件中，同时告知相关人员。
8）当取样作为检测一部分时，实验室应有程序记录与取样有关的资料和操作。这些纪录应包括所用的取样程序、取样人的识别、环境条件（如果相关）、必要时有抽样地点的图示或其他等效方法，如果合适，还应包括取样程序所依据的统计方法。
二、食品微生物学的取样点
食品微生物的取样计划中常包括以下取样点：原料、生产线（半成品、环境）、成品、库存样品、零售商店、批发市场、进口或出口口岸。
原料的取样包括食品生产所用的原始材料、添加剂、辅助材料及生产用水等。
生产线样品是指食品生产过程中不同加工环节所取的样品，包括半成品、加工台面、与被加工食品接触的仪器面以及操作器具等。对生产线样品的采集能够确定细菌污染的来源，可用于食品加工企业对产品加工过程卫生状况的了解和控制，同时能够用于特定产品生产环节关键控制点的确定和haccp的验证工作。另外还可以配合生产加工，在生产前后或生产过程中对环境样品（如地面、墙壁、天花板以及空气等）取样进行检验，以检测加工环境的卫生状况。
库存样品的取样检验可以测定产品在保质期内微生物的变化情况，同时也可以间接对产品的保质期是否合理进行验证。
零售商店或批发市场的样品的检测结果，能够反映产品在流通过程中微生物的变化情况，能够对改进产品的加工工艺起到反馈作用。
进口或出口样品通常是按照进出口商所签订的合同进行取样和检测的。但要特别注意的事，进出口食品的微生物指标除满足进出口合同或信用证条款的要求外，还必须符合进口国的相关法律规定。
三、不同样品的取样方法
-
预包装食品
① 直接食用的小包装食品：尽可能取原包装，直到检验前不要开封，以防污染。
② 桶装或大容器包装的液体食品：取样前应摇动或用灭菌棒搅拌液体，尽量使其达到均质；装入灭菌容器的量不应超过其容量的四分之三，以便于检验前将样品摇匀；取完样品后，应用消毒的温度计插入液体内测量食品的温度，并作记录。尽可能不用水银温度计测量，以防温度计破碎后水银污染食品；如为非冷藏易腐食品，应迅速将所取样品冷却至0℃~4℃。
③ 桶装或大容器包装的固体食品：每份样品应用灭菌取样器从几个不同部位采取，一起放入一个灭菌容器内；注意不要使样品过度潮湿，以防食品中固有的细菌增殖。
④ 桶装或大容器包装的冷冻食品：对于大块冷冻食品，应从几个不同部位用灭菌工具取样，使样品具有充分的代表性；在将样品送达实验室前，要始终保持样品处于冷冻状态。样品一旦融化，不可使其再冻，保持冷却即可。
-
生产过程中的取样
划分检验批次，应注意同批产品质量的均一性；如用固定在贮液桶或流水作业线上的取样龙头取样时，应事先将龙头消毒；当用自动取样器取不需要冷却的粉状或固定食品时，必须履行相应的管理办法，保证产品的代表性不被人为地破坏。
-
液体样品
通常情况下，液态食品较容易获得代表性样品。液态食品（如牛奶、奶昔、糖浆）一般盛放在大罐中，取样时，可连续或间歇搅拌（可使用灭菌的长柄勺搅拌），对于较小的容器，可在取样前将液体上下颠倒，使其完全混匀。较大的样品（100ml~500ml）要放在已灭菌的容器中送往实验室。实验室在取样检测之前应将液体再彻底混匀一次。
对于牛奶、葡萄酒、植物油等，常采用虹吸法（或用长形吸管）按不同深度分层取样，并混匀。如样品粘稠或含有固体悬浮物或不均匀液体应充分搅匀后，方可取样。
-
固体样品
依所取样品材料的不同，所使用的工具也不同。固态样品常用的取样工具有灭菌的解剖刀、勺子、软木钻、锯子和钳子等。面粉或奶粉等易于混匀的食品，其成品质量均匀、稳定，可以抽取小样品（如100g）检测。但散装样品必须从多个点取大样，且每个样品都要单独处理，在检测前要彻底混匀，并从中取一份样品进行检测。
肉类、鱼类或类似的食品既要在表皮取样又要在深层取样。深层取样时要小心不要被表面污染。有些食品，如鲜肉或熟肉可用灭菌的解剖刀和钳子取样；冷冻食品可在未解冻的状态下可用锯子、木钻或电钻（一般斜角钻入）等获取深层样品；全蛋粉等粉末状样品取样时，可用灭菌的取样器斜角插入箱底，样品填满取样器后提出箱外，再用灭菌小勺从上、中、下部位取样。
-
表面取样
通过惰性载体可以将表面样品上的微生物转移到合适的培养基中进行微生物的检验，这种惰性载体既不能引起微生物死亡，也不应使其增殖。这样的载体包括清水、拭子、胶带等。取样后，要使微生物长期保存在载体上，既不死亡又不增殖十分困难，所以应尽早的将微生物转接到适当的培养基中。转移前耽误的时间越长，品质评价的可靠性就越差。
-
厌氧微生物检验用样品的采取
取样检测厌氧微生物时，很重要的一点是食品样品中不能含有。例如在肉的深层取少量样品后，要避免使之暴露在空气当中。如只能抽取小样品，或需使用棉拭子取样时，就要用一种合适的转接培养基（如stuart运送培养基）来降低氧的浓度。例如，如使用藻酸盐羊毛拭子取样后，就不能再放入原来的试管，而应放在盛有stuart运送培养基的瓶中。棉拭子使用前要先用强化的梭菌培养基浸湿。
-
水样的采取
采集水样应注意无菌操作，以防止杂菌混入。取水样时，最好选用带有防尘磨口瓶塞的广口瓶。对于用氯气处理过的水，取样前在每500ml的水样中加入2ml的1.5%的。
在取自来水时，水龙头嘴的里外都应擦干净。再用酒精灯灼烧水龙头灭菌，然后把水龙头完全打开，放水5min~10min后再将水龙头关小，采集水样。这样的取样方法能确保供水系统的细菌学分析的质量，但是如果检测的目的是用于追踪微生物的污染源，建议还应在龙头灭菌之前取水样或在龙头的里边和外边用棉拭子涂抹取样，以检测龙头自身污染的可能性。
从水库、池塘、井、河流等处取水样时，用无菌的器械或工具拿取瓶子和打开瓶塞。应先将无菌取样器浸入水下1cm~15cm处（井水则在水下50cm深处采样），然后掀起瓶塞采集水样。流动水区应分别采取靠岸边及水流中心的水。如果不具备适当的取样仪器或临时取样工具，只能用手操作，但取样时应特别小心，防止用手接触水样或内部。
-
空气样品的采取
空气的取样方法，有直接沉降法和过滤法。
在检验空气中细菌含量的各种沉降法中，平皿法是最早的方法之一，到目前为止，这种方法在判断空气中浮游微生物分次自沉现象方面仍具有一定的意义。平皿法就是将琼脂平板或血液琼脂平板放在空气中暴露一定时间，然后37℃培养48h，计算所生长的菌落数。
